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一般来讲，程序配置优化所产生的生产力远比提高硬件配置要好，可能一行蹩脚的SQL要吃掉你服务器整个内存，导航你的网站或服务器宕机。
优化程序和服务器配置是提高效率的第一步也是最好的办法，如果实在不行再从去升级你的硬件配置。
在日常的MySQL服务器中，wait-timeout这个参数非常有用。
（在部分MySQL的默认配置中可能没有wait-timeout这个参数项，你在[mysqld]节中加上即可）
参数意义：MySQL客户端的数据库连接闲置最大时间值。
参数默认值：默认值为8小时 。
这个参数的大概意思是某一个MySQL客户端连接闲置的最大时间值，即某一个MySQL客户端连接过程中，闲置的最大时间到达后服务器将其关闭。
MySQL服务器所支撑的最大连接数是有限的，因为每一个连接、第一个表打开的操作都要消耗服务器内存，理想状态是当一个MySQL客户端连接完成工作就自动断开释放内存，如果你的你的网站有大量的MySQL链接请求，这些连接完成SQL执行任务后空闲着啥事也不干，白白占用内存资源，如果 这些连接堆积起来，将导致MySQL超过最大连接数，从而无法新建MySQL连接，有可能导致“Too many connections”的错误。
可以在设置之前用show processlist查看一下MySQL状态，如果你发现你的MYSQL中有大量的Sleep进程，哪么你真的需要设置你的wait-timeout了。依你的程序而定设置多大的值 ，我的设置wait-timeout＝10，MySQL中的所有Sleep线程最多只能“睡”10秒，之后就被强行关闭了。

近来在做一些小站，其中要用到一个WEB网页采集器功能，当一个PHP脚本在请求URL的时候，可能这个被请求的网页非常慢慢，超过了MySQL的wait-timeout时间，然后当网页内容被抓回来后，准备插入到MySQL的时候，发现MySQL的连接超时关闭了，于是就出现了“MySQL server has gone away”这样的错误提示，解决这个问题，我的经验有以下两点，或许对大家有用处：
第一种方法，当然是增加你的 wait-timeout值，这个参数是在my.cnf(在Windows下台下面是my.ini）中设置，我的数据库负荷稍微大一点，所以，我设置的值为10，（这个值的单位是秒，意思是当一个数据库连接在10秒钟内没有任何操作的话，就会强行关闭，我使用的不是永久链接（mysql_pconnect),用的是mysql_connect,关于这个wait-timeout的效果你可以在MySQL的进程列表中看到（show processlist) ），你可以把这个wait-timeout设置成更大，比如300秒，呵呵，一般来讲300秒足够用了，其实你也可以不用设置，MySQL默认是8个小时。情况由你的服务器和站点来定。
第二种方法：
这也是我个人认为最好的方法，即检查MySQL的链接状态，使其重新链接。
可能大家都知道有mysql_ping这么一个函数，在很多资料中都说这个mysql_ping的API会检查数据库是否链接，如果是断开的话会尝试重新连接，但在我的测试过程中发现事实并不是这样子的，是有条件的，必须要通过mysql_options这个C API传递相关参数，让MYSQL有断开自动链接的选项（MySQL默认为不自动连接），但我测试中发现PHP的MySQL的API中并不带这个函数，你重新编辑MySQL吧，呵呵。但mysql_ping这个函数还是终于能用得上的，只是要在其中有一个小小的操作技巧：
这是我的的数据库操作类中间的一个函数
function ping(){
if(!mysql_ping($this->link)){
mysql_close($this->link); //注意：一定要先执行数据库关闭，这是关键
$this->connect($this->t_dbhost,$this->t_dbuser,$this->t_dbpw,$this->t_dbname,$this->t_pconnect);
}
}
我需要调用这个函数的代码可能是这样子的
for($i=0;$i<10;i++){
$str=file_get_contents(’http://www.aol.com’);
}
$db->ping(); //经过前面的网页抓取后，或者会导致数据库连接关闭,检查并重新连接
$db->query(’select * from table’);
ping()这个函数先检测数据连接是否正常，如果被关闭，整个把当前脚本的MYSQL实例关闭，再重新连接。
经过这样处理后，可以非常有效的解决MySQL server has gone away这样的问题，而且不会对系统造成额外的开销。